局机关设办公室、基础教育科、市直教育科、职业技术和成人教育科、教师教育科、人事科、计划财务科、审计科、社会力量办学科、体卫科、勤工俭学管理办公室等11个职能科室，并按照章程和有关规定设立机关党委、纪检监察室、市人民政府教育督导室、工会、中小学救助受援捐赠办公室(扶贫助学办公室)、招生考试委员会办公室(副处级)和大中专毕业生就业管理办公室(副处级)。

下设市教育科学研究所和市教育技术中心两个正科级二级单位。

城区有30所学校由市教育局直接管理。

根据中共岳阳市委、市人民政府《关于印发岳阳市教育局职能配置内设机构人员编制规定》的通知(岳委发[2001]40号)，市教育局的主要职能是，贯彻落实中央、省关于教育工作的方针、政策和法律、法规、规章，研究制定地方性的教育政策并监督执行，研究制订教育事业发展规划和年度计划，拟订教育发展的重点、规模、速度和步骤，指导和协调教育规划、计划的实施，统筹管理全市各种所有制力量举办的初等、中等、高等学历教育，综合管理和指导各层次的非学历培训和学前教育、教学等工作，主管全市招生考试、大中专毕业生就业、教育经费、教师队伍建设等工作。