新疆生产建设兵团受中国中央政府和新疆维吾尔自治区政府的双重管辖，享有省级的权限，并在国民经济和社会发展方面实行国家计划单列。

兵团的党务和税收事务由自治区分管，而行政、司法、经济、财政等则由中央政府管理并依照国家法律自行管理内部的行政、司法事务。

在统计方面，兵团的人口和面积一般都计入地方政府的统计中（兵团城市除外），但国民生产总值等则单独列出，不计入自治区的数据。

新疆生产建设兵团的管理体系主要有兵团、师、团三级。

兵团和师均设第一政治委员、政治委员、司令员或师长三个主要职位。

兵团的司令部设在乌鲁木齐市。

兵团第一政治委员由中共中央政治局委员、新疆维吾尔自治区党委书记王乐泉兼任。

兵团政治委员和司令员则兼任自治区的党政副职，由中共中央和国务院直接任命，其行政职级为正省级，党内级别为中央委员。

兵团现任政治委员和司令员分别是聂卫国和华士飞。

兵团的师大都与自治区的地级市分别对应，由相应的地委书记兼任师第一政委。

师另设专职的政治委员和师长，行政级别为地厅级。

兵团的团级单位除了团场外，还有农场、牧场等，一般统称为“农牧团场”。

团场编以数字番号。

有些师实行师市合一体制,如石河子市,图木舒克市等.在兵团总部、各师师部和团场密集的垦区，设有三级公安局、检察院、法院机构。

80年代以来，军团的武装连队改编为武警，整编为新疆生产建设兵团武警指挥部及其隶属的各支队、大队、中队。

副军级建制的兵团军事部执行省军区的职责权限，即兵役动员、预备役编组、民兵工作等。

兵团的各支民兵应急反应分队是新疆维护稳定、处置突发事件的重要力量。

新疆生产建设兵团的人员大都是从中国人民解放军第一野战军的第一兵团和第二十二兵团转业而来的。

目前兵团下设14个师（其中包含1个建筑工程师）及185个农牧团场（其中包含11个建筑工程团），插花地分布于自治区全境，位于1950年以前的荒地。

2003年兵团总人口大约为248万人，其中汉族人口约218万。

农一师：1953年成立，分布在阿克苏地区，师部与县级阿拉尔市师市合一。

前身是第一兵团第二军步兵第五师，最早是中国工农红军第二方面军第六军团和国民革命军第十八集团军一二零师三五九旅，以“生在井冈山，长在南泥湾，转战数万里，屯垦在天山”闻名。

农二师：1953年成立，主要分布在巴音郭楞蒙古自治州境内，师部驻库尔勒市，前身是第一兵团第二军步兵第六师。

农三师：1966年成立，主要分布在喀什地区境内，师部与图木舒克市师市合一，前身是第一兵团第五军步兵第十四师。

农四师：1953年成立，主要分布在伊犁哈萨克自治州直属伊犁地区境内，师部驻伊宁市，前身是第一兵团第五军步兵第十五师。

农五师：1953年成立，主要分布在博尔塔拉蒙古自治州境内，师部驻博乐市，前身是第一兵团第六军步兵第十六师。

农六师：1953年成立，主要分布在昌吉回族自治州境内，师部与五家渠市师市合一。

前身是第一兵团第六军步兵第十七师，即西北野战军新四旅。

农七师：1953年成立，主要分布在奎屯附近，师部驻奎屯市，前身是第二十二兵团第九军步兵第二十五师。

农八师：1953年成立，主要分布在石河子附近，师部驻石河子市，师部与石河子市师市合一，前身是第二十二兵团第九军步兵第二十六师。

农九师：1962年成立，主要分布在伊犁哈萨克自治州塔城地区北部边境地区，师部驻额敏县，前身是第二十二兵团第九军步兵第二十七师。

农十师：1959年成立，主要分布在伊犁哈萨克自治州阿勒泰地区境内，师部驻北屯镇，前身是第二十二兵团骑兵第七师。

建筑工程师：1953年成立，以工业、工程施工为主，师部驻乌鲁木齐市，前身是第二十二兵团骑兵第八师。

农十二师：即原乌鲁木齐农场管理局，1982年成立，2001年改为现名，主要分布在乌鲁木齐市境内，师部驻乌鲁木齐市。

农十三师：即原哈密农场管理局，1982年成立，2001年改为现名，主要分布在哈密地区境内，师部驻哈密市。