中国科学院直属的大学根据《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》（国发〔1999〕26号，以下简称《决定》），中科院继续管理其所属学校。

目前中科院直属院校有：中国科学技术大学（中科大）、中国科学院大学（国科大）。

历史上在1978年曾有浙江大学、成都工学院（成都科技大学）、上海科学技术大学、哈尔滨科学技术大学（哈尔滨理工大学）[1] 为中科院直属，1981年转交其他部属或地方政府。

根据《国务院关于进一步调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构的决定》[2] （国发〔1999〕26号，以下简称《决定》），“中科院”继续管理其所属学校。

上世纪末，经过高校管理体制的调整，我国高校形成了中央和省级政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。

少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部、工信部其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。

我国高校分为：中央部属高校、地方省属高校。