南京师范大学的研究生教育起步于20世纪50年代，由著名苔藓专家陈邦杰教授招收了第1名研究生。

“文化大革命”中，研究生教育中断了。

1978年，我国实行改革开放政策后，立即恢复了研究生招生培养制度，当年就招收了研究生。

1981年我国开始实施《中华人民共和国学位条例》，学校被国务院学位委员会批准为具有博士、硕士学位授予权的单位。

1997年学校成立研究生处和党委研究生工作部，在2003年学校机构改革中，原研究生处（党委研究生工作部）被改建为研究生部（党委研究生工作委员会），主要承担和组织全校学位与研究生教育管理工作。

1996年，南京师范大学进入国家“211工程”重点建设大学行列，南京师范大学的研究生教育进入了一个崭新的发展时期。

截止到2006年6月，共授予博士学位624名，硕士学位 6719名。

目前，共有在校研究生9215名，其中博士生632名